Das Konzept der Ausstellung war ein Ergebnis fruchtbarer Diskussionen zwischen dem Team der wissenschaftlichen Mitarbeiterin und Mitarbeitern des NS-Dokumentationszentrums, dem Architekten und dem Ausstellungsdesigner. Die zentrale Idee bestand und besteht darin, das EL-DE-Haus selbst zum wichtigsten Exponat zu machen. Daraus folgt eine deutliche Trennung: Der Keller mit Hausgefängnis, Zellen und Inschriften soll als Ort des physischen, der Eingangsbereich und vor allem die oberen Geschosse mit den Büros der Gestapo sollen als Ort des bürokratischen Terrors erlebbar werden.
Ende 1991 beschloss der Rat der Stadt Köln, das EL-DE-Haus für die Zwecke des NS-Dokumentationszentrums umzubauen. Diese Umbauten waren bis dahin am langjährigen Einspruch des Vermieters gescheitert. Neben der bereits vorhandenen Gedenkstätte im Keller des Hauses sollten auf zwei Stockwerken eine Dauerausstellung »Köln im Nationalsozialismus«, ein Bereich für Sonderausstellungen, ein Gruppenraum, die Bibliothek sowie Büroräume untergebracht werden. Mit der Planung des Umbaus wurde der bekannte Kölner Architekt Professor Peter Kulka beauftragt, dessen Mitarbeiter Konstantin Pichler an der Umsetzung wesentlich beteiligt war. Zu dem Team gehörte sodann der Typograph und Ausstellungsdesigner Professor Gerd Fleischmann. Nachdem der Rat 1993 den Vorentwurf genehmigt hatte, begannen 1996 die Umbauarbeiten. Am 16. Juni 1997 wurde das NS-Dokumentationszentrum in seiner neuen Form im Rahmen eines feierlichen Akts durch den Oberbürgermeister der Stadt, Norbert Burger, der Öffentlichkeit übergeben.
Das Konzept der Ausstellung war ein Ergebnis fruchtbarer Diskussionen zwischen dem Team der wissenschaftlichen Mitarbeiterin und Mitarbeitern des NS-Dokumentationszentrums, dem Architekten und dem Ausstellungsdesigner. Die zentrale Idee bestand und besteht darin, das EL-DE-Haus selbst zum wichtigsten Exponat zu machen. Daraus folgt eine deutliche Trennung: Der Keller mit Hausgefängnis, Zellen und Inschriften soll als Ort des physischen, der Eingangsbereich und vor allem die oberen Geschosse mit den Büros der Gestapo sollen als Ort des bürokratischen Terrors erlebbar werden. Erst durch die Umgestaltung der Gedenkstätte im Jahr 2009 konnte diese Intention vollends umgesetzt werden: Die Gedenkstätte wurde der Geschichte der Opfer und des Hausgefängnisses vorbehalten, allgemeine Darstellungen zur Gestapo oder dem NS-Regime wurden in die Dauerausstellung verlagert. Das EL-DE-Haus ist auf eine eindringliche Art Opfer- und Täterort zugleich. Der Opferort wird in der Gedenkstätte im Keller mit dem ehemaligen Hausgefängnis, der Täterort in den ehemaligen Büroräumen der Gestapo mit der Dauerausstellung »Köln im Nationalsozialismus« erfahrbar – beide Bereiche sind voneinander getrennt und doch untrennbar aufeinander bezogen. Selbst die kühle, sachliche und informative Grundstimmung der Dauerausstellung verfehlt ihre Wirkung auf die Besucherinnen und Besucher nicht, weil sie am authentischen Ort gezeigt wird, der auch in den ehemaligen Büroetagen durch die Art der Ausstellungsarchitektur erlebt wird. Dank der Darstellung von Biografien wird eine Empathie mit den Opfern sowie eine Auseinandersetzung mit den Motiven der Zuschauer, Indifferenten und Täter ermöglicht. Vor allem aber muss die Dauerausstellung in Verbindung mit der Gedenkstätte betrachtet werden: Die Büroetagen mit der Dauerausstellung sind vordergründig der Ort der Information, die Gedenkstätte der Ort der Emotion und des Mitfühlens. Nur beide zusammen entfalten die Gesamtwirkung.
Dass das EL-DE-Haus das erste und wichtigste Exponat der Ausstellung sein soll, wird bereits beim Eintritt ins Haus deutlich. Der bisherige Eingang wurde durch ein transparentes Metallgitter versperrt, wodurch der Eingangsbereich mit der Pförtnerloge zum Ausstellungsobjekt wurde. In dem Bereich, in dem die Gestapo ihre Büros hatte, wurden Büroräume und Flure im Prinzip erhalten. Pläne des Gebäudes und Ansichten einzelner Räume aus der Zeit vor 1945 sind allerdings nicht überliefert. Das bedeutete, dass eine Rekonstruktion des früheren Zustandes – selbst wenn sie beabsichtigt gewesen wäre – gar nicht möglich war. Die Filmkulisse einer Gestapozentrale sollte aber nicht hergestellt werden. Die Dauerausstellung wird nun nicht in den ursprünglichen oder künstlich wiederhergestellten Räumen der Gestapo gezeigt, sondern in den bis auf die Bausubstanz entleerten Räumen der Rentenstelle, die diese 1996 wegen des Umbaus räumte. Hiermit wird deutlich, dass die Geschichte des EL-DE-Hauses nicht 1945 endet, sondern auch die Zeit danach – und damit der Umgang mit der NS-Geschichte des Hauses und Kölns insgesamt – thematisiert werden soll, auch wenn man davon ausgehen kann, dass sich die Raumstruktur des Bürotrakts des Hauses im Lauf der Jahrzehnte nicht wesentlich verändert hat. Die Dauerausstellung wird im alten historischen Teil des Gebäudes gezeigt. Die bisherigen Türen und Oberlichter blieben erhalten, die Wände wurden bis auf den Putz freigelegt. Das Haus wurde als Hauptexponat ins Zentrum gerückt, indem im Ausstellungsbereich alle Schichten, die nach 1945 hinzugekommen waren, zwar entfernt und bauliche Veränderungen zurückgenommen wurden, aber weiter kenntlich blieben (z. B. Toiletten). Übrig blieben nackte Räume, nackte Wände. Die Alltäglichkeit des Raumgefüges wird sichtbar: Mittelflure und davon ausgehende Büroräume. Die Flure stellen einen wesentlichen Teil der Dauerausstellung dar: Hier wurde auf die Platzierung von Exponaten bewusst verzichtet. Die Flure bleiben leer und verlieren einen großen Teil ihrer Funktion, da die Besucherinnen und Besucher sich die Ausstellung durch neue Durchbrüche zwischen den einzelnen ehemaligen Büros erschließen. Nichts als die karge Bürostruktur des Hauses bleibt übrig.
Neu sind die um eine Achse versetzten Durchgänge zwischen den Räumen. Die »moderne« Nutzung – Büroräume, Bibliothek, Gruppenraum und der Raum für Sonderausstellungen – wurde in den nach 1945 errichteten Gebäudeteilen untergebracht, die frei gestaltet wurden, u.a. dadurch, dass die vorhandenen Räume zu neuen großen Funktionsbereichen zusammengefasst wurden.
Die freigelegten Wände wurden – in verschiedenen Farbabstufungen – mit einer Lasur überzogen, die eine weitgehend homogene Oberfläche schuf, gleichzeitig aber bloßlegte, welche Eingriffe seit der Errichtung des Gebäudes vorgenommen worden waren. Der Fußboden wurde mit einer Bitumenmasse ausgegossen – mit teils glatter, teils rauer Oberfläche – und knüpft an die Bodenstruktur der Kerkerzellen im Keller des Hauses an. Die meisten Exponate werden nicht wie in traditionellen Museen gerahmt, sondern auf Metallplatten mit Abstand zur Wand präsentiert, um das Haus auch im Detail zur Geltung zu bringen. Die Fensterscheiben sind ebenfalls mit der Lasur überzogen und undurchsichtig. Das ermöglicht es, sich auf die Ausstellung zu konzentrieren. Lediglich an zwei Stellen wurde der Blick freigelassen: auf das Gerichtsgebäude Appellhofplatz und den Hof des EL-DE-Hauses. Die Außenwände mit den Fenstern wurden möglichst von Exponaten freigehalten, um die Architektur des Hauses auch von innen erlebbar zu machen.
Ein wesentliches Ziel der Dauerausstellung »Köln im Nationalsozialismus « ist es, über diese Zeit zu informieren und aufzuklären. Damit soll die immer noch weitverbreitete Vorstellung im katholischen liberalen und autoritätsfeindlichen Köln habe der Nationalsozialismus nicht richtig Fuß fassen können und sei weniger schlimm als andernorts gewesen als selbstgefälliger Mythos widerlegt werden. Zu Beginn der Dauerausstellung werden die Geschichte des EL-DE-Hauses und die Entstehung des NS-Dokumentationszentrums thematisiert.
Den zeitlichen Rahmen der Dauerausstellung bildet die Aufstiegsphase des Nationalsozialismus in der Weimarer Republik bis zum Ende des NS-Systems im Frühjahr 1945. Thematisch konzentriert sich die Ausstellung nicht auf die Aspekte Widerstand und Verfolgung, sondern behandelt im Prinzip die Gesamtentwicklung des Nationalsozialismus in Köln einschließlich des Machtapparates, der Propaganda, des Rassismus und der rassistischen Verfolgung, des Alltages und der Jugend, der Kirchen und des Krieges. Nicht alle der für dieses Thema relevanten Aspekte sind in eigenen Ausstellungseinheiten thematisiert: Frauen, Wirtschaft, Kommunalpolitik sind in bestimmten Themenfeldern mitbehandelt. Andere – wie etwa Theater, Kunst, Literatur und Musik – mussten allein wegen des zur Verfügung stehenden Raumes ausgeklammert bleiben. Zudem hatte das Grundkonzept, die ursprünglichen Gebäudestrukturen zu erhalten, für die Ausstellung zur Folge, dass die einzelnen Themen in die vorgefundenen, zum Teil sehr kleinen Räume eingepasst werden mussten. Manche Räume – wie z. B. der Raum zum Abhören von Zeitzeugeninterviews – konnten nur für bestimmte Funktionen genutzt werden.
Didaktisch verzichtet die Dauerausstellung auf den erhobenen Zeigefinger und auf eine »Betroffenheitspädagogik«. Stattdessen wird die eigene Vorstellungs- und Urteilskraft der Besucherinnen und Besucher herausgefordert. Suggestive oder überwältigende Inszenierungen kommen nicht zum Einsatz. In einzelnen Fällen werden jedoch Projektionen eingesetzt, um Assoziationen hervorzurufen. So beim Thema Widerstand: Hier macht die Projektion einer Filmsequenz einer jubelnden, den »Hitler-Gruß« zeigenden Menschenmenge auf die dargestellten kleinen Widerstandsgruppen deutlich, dass diese einen »Widerstand ohne Volk« bildeten. Jubel und Zustimmung waren der Normalfall, und Widerstand wurde von einer kleinen Gruppe ausgeübt, die die Menge – das Volk – nicht erreichte. Beim Thema Krieg wird auf ein Foto eines Schaufensters mit einer den Sieg feiernden Dekoration die Projektion von Särgen gerichtet, die so die Konsequenz dieser Kriegsbegeisterung vor Augen führt. In einer Reihe von Ausstellungsräumen bieten Monitore mit Bildsequenzen zu einzelnen Themenaspekten die Möglichkeit, sich intensiver auf das Thema einzulassen.
Durch die knappe Zusammenfassung zum jeweiligen Thema einer Ausstellungseinheit, durch eine Begrenzung der Zahl der Exponate und kurze Beschriftungen soll der Besucher die wichtigsten Informationen erhalten, ohne überfordert zu werden. Großexponate innerhalb der einzelnen Themeneinheiten stellen eine symbolische Verdichtung dar. Einzelne Themen werden nicht nur in bestimmten Räumen, sondern über mehrere Themeneinheiten der Ausstellung – wie »rote Fäden« – präsentiert. Dies ermöglicht es, Beziehungen und Querverbindungen in der Dauerausstellung herzustellen. Um diese Verknüpfungen zu erleichtern, werden einige Exponate mehrfach verwendet und in unterschiedlichen Zusammenhängen gezeigt.
Neue Erkenntnisse und Materialien aus Forschungs- und Ausstellungsprojekten und die simple Tatsache, dass die seit 1997 eingesetzten Medienstationen grundlegend erneuert werden mussten, weil die Technik bereits nach wenigen Jahren überholt war und es keine Ersatzteile mehr gab, führten dazu, dass in vergleichsweise kurzer Zeit die Dauerausstellung in wesentlichen Teilen verändert wurde. Diese Umarbeitungen fanden nach langjährigen Vorarbeiten in den Jahren 2009 und 2010 statt. Neu gestaltet wurde der Themenraum »Jugend«. Dieses Thema erhielt auch in anderen neu gestalteten Teilen der Dauerausstellung größeres Gewicht; so werden im Themenfeld Zweiter Weltkrieg die »unangepassten Jugendlichen« im Allgemeinen und die Gruppen der »Edelweißpiraten« im Besonderen näher dargestellt. Der Bereich Widerstand wurde um vier Beispiele für Zivilcourage und Mitmenschlichkeit sowie durch 13 Rundfunksendungen sogenannter »Feindsender« ergänzt. Die Rolle der Täter, der Verfolgungsbehörden und -orte gerät nun viel stärker in den Fokus, nämlich durch die neue Darstellung zu Polizei und Gestapo sowie zu anderen Teilen des NS-Terrorapparats wie etwa Justiz oder Konzentrationslager. Der Holocaust wird nunmehr am Beispiel der Deportation von 2000 Juden von Köln aus in das Ghetto Litzmannstadt exemplarisch dargestellt. Grundlegend neu gestaltet wurde der Themenbereich Zweiter Weltkrieg. Erstmals wird der Blick über Köln hinaus auf das Geschehen an den Fronten gerichtet, wo neben dem Erleben der Soldaten auch der brutale Einsatz eines in Köln stationierten Polizeibataillons im Osten thematisiert wird. Ausführlicher dargestellt wird nun die Kriegswirtschaft mit ihrer Rüstungsproduktion am Standort Köln, der Einsatz von Zwangsarbeiterinnen und Zwangsarbeitern sowie das jugendliche Leben im Krieg an Beispielen wie Kinderlandverschickung, Luftwaffenhelfer, Westwall oder Kriegshilfsdiensten.
In die Dauerausstellung wurden 31 Medienstationen mit Interviews von Zeitzeuginnen und Zeitzeugen sowie historischen Filmen, Fotografien und Dokumenten integriert. Aus mehr als 300 Stunden Filmmaterial wurden Ausschnitte aus 96 Zeitzeugengesprächen (vor allem aus dem Projekt »Erlebte Geschichte «) in einer Gesamtlänge von rund zwölf Stunden für diese Stationen ausgewählt und redaktionell aufbereitet. Hinzu kommen historisches Filmmaterial von mehr als einer Stunde und über 200 Fotos, die nun ebenfalls in den Stationen präsentiert werden. Insgesamt gleichen sich die neuen Ausstellungsteile und die neuen Medienstationen der bisherigen Ausstellung an. Ziel war es, Neues in Bewährtes einzugliedern und die bisherigen Konzepte mit neuen Erkenntnissen und pädagogischen Erfahrungen zu ergänzen. Die Medienstationen stellen ein vertiefendes zusätzliches Angebot dar. Sie zeigen Zeitzeugenerinnerungen in zwei unterschiedlichen Formen: Entweder schildert eine Person längere Passagen aus ihrem Leben, um einen bestimmten Aspekt in der Dauerausstellung beispielhaft zu veranschaulichen, oder aber mehrere Zeitzeuginnen und Zeitzeugen äußern sich in kurzen Sequenzen zum selben Thema und machen damit unterschiedliche Sichtweisen eines Themas deutlich. Die Medienstationen sind nicht gleichmäßig über die gesamte Dauerausstellung verteilt, sondern finden sich vor allem bei jenen Themen, zu deren inhaltlicher Erschließung Zeitzeugenerinnerungen in besonderem Maße beitragen können: Geschichte des EL-DE-Hauses, Aufstieg und Machtergreifung, Gleichschaltung, Gestapo, Inszenierte Volksgemeinschaft, Jugend, Rassenpolitik, Jüdisches Schicksal, Widerstand und Krieg.
Zum Thema Krieg wurden gleich drei Medienstationen eingebaut: Neben Kriegsbiografien zu den Bereichen »Front« und »Heimatfront« haben unter dem Stichwort »Heimatlos« nun auch jene Gesicht und Stimme erhalten, die aus politischen und/oder rassistischen Gründen vom NS-Regime verfolgt wurden und fliehen mussten.